Il enserre la ville dans un système de fortifications pentagonal ancré à l’escarpement rocheux et permet la surveillance de la trouée qui s’ouvre entre le Jura et les Vosges. De la terrasse du fort, le panorama porte jusqu’au Jura.

Inébranlable sur son éperon rocheux, la citadelle érigée par Vauban constitue un  site naturel et historique d’un grand intérêt. Ses murs accueillent aujourd’hui le Musée comtois, le musée d’Histoire naturelle et le musée de la Résistance et de la Déportation.

Aménagé dans une ancienne halle à grains, le musée propose un parcours de la préhistoire au 20e siècle, en passant par une belle collection d’antiquités égyptiennes et un important ensemble d’objets de la période gallo-romaine. Son fonds de peinture européenne compte parmi ses richesses des oeuvres du grand peintre de la région, Gustave Courbet (Les Paysans de Flagey).

Ce vaste lac est sans doute le plus spectaculaire des lacs jurassiens.