Aménagé dans une ancienne halle à grains, le musée propose un parcours de la préhistoire au 20e siècle, en passant par une belle collection d’antiquités égyptiennes et un important ensemble d’objets de la période gallo-romaine. Son fonds de peinture européenne compte parmi ses richesses des oeuvres du grand peintre de la région, Gustave Courbet (Les Paysans de Flagey).